多序列比對(duì)工具

一款非常專業(yè)的多序列比對(duì)軟件，Jalview官方版界面簡(jiǎn)潔友好，功能實(shí)用，操作簡(jiǎn)單，用戶需要先安裝相應(yīng)的java組件才能夠正常使用，軟件可以有效地顯示、分析和跟蹤多個(gè)序列對(duì)齊，除此之外，軟件還提供了人性化的導(dǎo)入導(dǎo)出選項(xiàng)，可以以從到Fasta (Pearson)、GCG-MSF、ALN/ClustalW、AMPS塊文件、NBRF/PIR(包括MODELLER變體)或Pfam/Stockholm導(dǎo)入或?qū)С鰯?shù)據(jù)，非常的方便實(shí)用。

軟件特色

1、人性化的序列顯示方式

2、支持對(duì)文字進(jìn)行調(diào)整

3、自帶豐富的著色方案

4、支持自定義著色方案

5、可以依照保守性調(diào)整字母的顏色

6、支持導(dǎo)出保存為主流的文件格式

安裝步驟

1、雙擊“install-jalview.exe”安裝

多序列比對(duì)工具圖一

2、點(diǎn)擊next出現(xiàn)安裝說(shuō)明

多序列比對(duì)工具圖二

3、一直next安裝就可以了

多序列比對(duì)工具圖三

使用教程

如何設(shè)置每行顯示的殘基數(shù)?

通過(guò)在Format 菜單下，點(diǎn)擊Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“單段”顯示變?yōu)?ldquo;分段”顯示，用鼠標(biāo)拖動(dòng)序列窗口邊緣改變窗口寬度的同時(shí)，每行顯示的殘基數(shù)隨之改變，如下圖。

如何預(yù)測(cè)得到蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)？

仍以lala.aln文件為例，Web ServiceSecondary Structure PredictionJPred SecondaryStructure Prediction，如果未選擇序列或者選了多條序列，會(huì)直接使用比對(duì)后的文件，默認(rèn)以最上邊的一條序列進(jìn)行預(yù)測(cè)，速度較快。如果只選擇其中的一條序列，Jalview會(huì)自動(dòng)提交到 JPred 服務(wù)器進(jìn)行比對(duì)和預(yù)測(cè)，花費(fèi)時(shí)間較長(zhǎng)（需要幾分鐘）。最終的預(yù)測(cè)結(jié)果會(huì)在新的窗口顯示，如下圖。

多序列比對(duì)工具圖四

JNetPRED （prediction）即為預(yù)測(cè)結(jié)果，α螺旋（helices）用紅色的條形（red tubes）表示，β折疊（sheets）用綠色箭頭表示（green arrows），JNetHMM 和JNETPSSM一樣，只是基于HMM 和PSSM兩種方法[1]。JNetCONF (confidence)是可信度估計(jì)，值越大越可信。

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如何設(shè)置每行顯示的殘基數(shù)？

通過(guò)在Format 菜單下，點(diǎn)擊Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“單段”顯示變?yōu)?ldquo;分段”顯示，用鼠標(biāo)拖動(dòng)序列窗口邊緣改變窗口寬度的同時(shí)，每行顯示的殘基數(shù)隨之改變，如下圖。

多序列比對(duì)工具圖五

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不想看到序列下方的“一堆”怎么做？

在Annotations菜單下，點(diǎn)擊Show annotations，取消顯示annotations即可，如下圖。

多序列比對(duì)工具圖六

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怎么拿到對(duì)位序列的Consensus Logo圖？