clustalx下載安裝使用方法教學(xué)

這是多重序列比對(duì)程序的Windows版本。Clustal X為進(jìn)行多重序列和輪廓比對(duì)和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。

序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對(duì)中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對(duì)和輪廓比對(duì)需要的所有選項(xiàng)。

你可以剪切、粘貼序列以更改比對(duì)的順序；你可以選擇序列子集進(jìn)行比對(duì)；你可以選擇比對(duì)的子排列(Sub-range)進(jìn)行重新比對(duì)并可插入到原始比對(duì)中；可執(zhí)行比對(duì)質(zhì)量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。

安裝方法

1、下載解壓文件，找到clustalx.msi雙擊安裝

clustalx下載安裝使用方法教學(xué)圖一

2、選擇安裝位置C:Program Files (x86)clustalclustalx

clustalx下載安裝使用方法教學(xué)圖二

3、準(zhǔn)備安裝，點(diǎn)擊install進(jìn)入安裝

clustalx下載安裝使用方法教學(xué)圖三

4、安裝完成

clustalx下載安裝使用方法教學(xué)圖四

使用方法

1.載入序列：運(yùn)行ClustalX，主界面窗口如下所圖（圖1），依次在程序上方的菜單欄選擇“File”－“Load Sequence”載入待比對(duì)的序列，

2.編輯序列：對(duì)標(biāo)尺(Ruler)上方的序列進(jìn)行編輯操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘貼)、Select All sequences(選定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列選定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(僅移除選定序列的空位)

3.參數(shù)設(shè)置：可以根據(jù)分析要求設(shè)置相對(duì)的比對(duì)參數(shù)。通常情況下，我們可以使用默認(rèn)參數(shù)。比對(duì)參數(shù)主要有六個(gè)，分別是Reset New Gaps before Alignment(比對(duì)前重置新的空位參數(shù))，Reset All Gaps before Alignment（比對(duì)前重置所有空位參數(shù)），Pairwise Alignment Parameters（兩兩序列比對(duì)參數(shù)），Multiple Alignment Parameters（多重序列比對(duì)參數(shù)），Protein Gap Parameters（蛋白空位參數(shù)），Secondary structure Parameters（二級(jí)結(jié)構(gòu)參數(shù)）

修改參數(shù)只需點(diǎn)擊相應(yīng)標(biāo)簽，示例比對(duì)的是多序列比對(duì)，故可選擇“Multiple Alignment Parameters”彈出參數(shù)設(shè)置窗口，如圖5所示：

4.完全比對(duì)：返回菜單欄選擇“Complete Alignment”標(biāo)簽，此時(shí)會(huì)彈出輸出文件路徑的設(shè)置窗口，設(shè)置Guide Tree File（向?qū)�樹或指�?dǎo)樹文件）、Alignment File（比對(duì)文件）的保存位置（存放路徑），點(diǎn)擊“Align”按鈕程序自動(dòng)開始序列的完全比對(duì)，比對(duì)所需時(shí)間因序列文件大小和長(zhǎng)度、計(jì)算機(jī)性能而異

clustalx下載安裝使用方法教學(xué)圖五

例子說明

A、B、C三條序列比對(duì).

其實(shí)就是

A和B比

A和C比

B和C比

同理n條多序列比對(duì)就是做nC2次兩序列比對(duì)，因此多序列比對(duì)的本質(zhì)就是多次兩條序列比對(duì)，也就是某條序列和其余的各個(gè)序列都進(jìn)行一次比對(duì).那么參數(shù)的設(shè)置當(dāng)然就是設(shè)置兩條序列比對(duì)時(shí)的規(guī)則就可以了.

Clustalx的多序列比對(duì)算法是基于雙序列比對(duì)的，它先將所有序列兩兩比對(duì)，然后根據(jù)兩兩比對(duì)結(jié)果構(gòu)建指導(dǎo)樹，再根據(jù)指導(dǎo)樹依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入.所以對(duì)雙序列比對(duì)參數(shù)的設(shè)置是Clustalx進(jìn)行多序列比對(duì)所必需的~

以上就是clustalx下載安裝使用方法教學(xué)，希望大家喜歡